"Dear Nathan" diadaptasi dari novel karya Erisca Febriani yang berjudul sama. Berawal dari keterlambatan mengikuti upacara pertama di sekolah baru, Salma Alvira (Amanda Rawles) bertemu dengan seorang cowok yang membantunya menelusup lewat gerbang samping. Selidik punya selidik, cowok itu ternyata bernama Nathan (Jefri Nichol) murid nakal yang sering jadi bahan gosip anak satu sekolah.
Beberapa rangkaian kejadian pun terjadi, yang justru menghantarkan Salma untuk menjadi kian lebih dekat dengan Nathan. Dua kepribadian yang saling bertolak belakang, seperti langit dan bumi yang tidak bisa bersatu tapi saling melengkapi.