"GI Joe:. Rise of Cobra" menampilkan gambaran gurun di Mesir yang jauh di bawahnya terdapat sebuah markas tim elit yang disebut G.I. JOE. Tim ini merupakan generasi terbaru agen mata-mata militer untuk melawan agen Destro yang korup dan organisasi misterius bernama Cobra. Tugas tim ini mencegah mereka yang bermaksud membuat kekacauan di dunia.