"Ghost in the Shell" mengikuti kisah suatu operasi khusus tentang penemuan seorang manusia-robot, yang memimpin satuan elit Section 9. Satuan ini bekerja dengan setia dan bisa menghentikan penjahat paling berbahaya sekaligus kejadian paling ekstrim. Suatu ketika Section 9 harus menghadapi musuh yang bertujuan melenyapkan kemajuan Hanka Robotic pada bagian teknologi cyber.