"The Shape of Water" akan berlatar belakang era Perang Dingin sekitar tahun 1963 di Amerika Serikat. Di sebuah laboratorium pemerintah yang berkeamanan tinggi dan letaknya tersembunyi. Seorang wanita kesepian bernama Elisa (Sally Hawkins) bekerja di laboratorium itu dan terjebak dalam keheningan ruang isolasi. Kehidupannya langsung berubah setelah rekan kerjanya, Zelda (Octavia Spencer), menemukan suatu eksperimen yang sangat rahasia.