Shrek (Mike Myers), raksasa berwarna hijau yang baik hati, kali ini merasa dirinya terlalu jinak dan telah kehilangan keganasannya. Bahkan sekarang penduduk desa justru memujanya bagaikan seorang selebriti.
Demi meraih kembali masa-masa ketika ia menjadi seorang ogre yang sebenarnya, Shrek lalu membuat perjanjian dengan Rumpelstiltskin yang licik. Namun, perjanjian licik itu justru membuat Shrek berada di dunia Far Far Away dimana para ogre diburu dan Shrek tidak pernah bertemu dengan Fiona (Cameron Diaz).
Kedua temannya, si Donkey (Eddie Murphy) yang menjadi hewan penarik kereta dan si Puss in Boots (Antonio Banderas) yang kini terlihat sangat gendut, bahkan tidak mengenalnya. Parahnya lagi, Rumpelstiltskin yang licik telah menjadi penguasa kerajaan. Shrek kini harus berjuang untuk menyelamatkan teman-temannya, mengembalikan dunia dan meraih kembali cinta sejatinya.