"Anthropoid" diadaptasi dari kisah nyata 'Operasi Anthropoid' yaitu kode untuk para Czechoslovakian sebagai misi pembunuhan SS general Reinhard Heydrich. Heydrich adalah seorang arsitek utama yang di perintahkan langsung oleh Hitler, Himmler dan pemimpin pasukan tentara Nazi di Czechoslovakia. Film ini akan mengikuti kisah dua tentara Czechoslovakia, Josef Gabcik (Cillian Murphy) dan Jan Kubis (Jamie Dornan). Mereka hanya memiliki sedikit pengalaman serta peralatan yang tidak memadai. Mereka berdua harus menyusun strategi agar operasi ini bisa berjalan lancar sekaligus melakukan perubahan di Eropa.