Sekelompok Alien jahat yang menamakan diri mereka 'Geng Tengkotak' datang ke Bumi untuk menculik Ochobot. Tujuan mereka menculik Ochobot untuk mencari asal kekuatan dari Ochobot, yaitu sebuah sfera kuasa (Bahasa Indonesia: bola kekuatan). BoBoiBoy dan kawan-kawan, termasuk Adu Du dan Probe, harus berusaha membebaskan Ochobot sekaligus menghalangi Tengkotak mendapatkan sfera kuasa tersebut. Perjalanan mereka akan membawa mereka kepada petualangan yang penuh dengan aksi, komedi dan tempat yang indah.