"G.I. Joe: Retaliation" menceritakan tentang para anggota G.I.Joe yang sebagian telah dibunuh akibat ulah mata-mata dari 'Cobra' bernama Zartan. Para anggota G.I.Joe yang tersisa pun memutuskan untuk melakukan serangan balik dan bertarung melawan Zartan, kaki tangannya dan para pemimpin dunia yang telah di bawah pengaruhnya.