"Gintama" berlatarkan alam semesta ketika jaman Edo. Sosok alien jenis Amanto menyerang planet Bumi. Seluruh orang di Bumi telah melakukan perlawanan terhadap alien selama lebih dari 10 tahun. Kekaisaran yang melihat kekuatan Amanto pada akhirnya menerima kekalahan. Kekaisaran juga membangun sebuah pemerintahan terhadap Amanto dan melakukan penghapusan penggunaan pedang. Karena hal ini, para samurai yang berjuang melawan Amanto demi negara tidak dapat berbuat apapun dan jatuh pada kekalahan. Hingga pada suatu ketika, Gintoki Sakata (Shun Oguri) merupakan seorang samurai yang memiliki pengalaman yang luar biasa muncul pada masa itu.