Film laga "Ninja Assassin" mengisahkan tentang Raizo (Rain) yang merupakan seorang pembunuh paling mematikan di dunia. Ketika masih kecil, ia diambil dari jalanan oleh Klan Ozunu, sebuah organisasi rahasia yang keberadaannya dianggap sebagai mitos, dan kemudian dididik untuk menjadi seorang pembunuh profesional.
Namun, setelah temannya dieksekusi tanpa ampun oleh organisasi yang dipimpin oleh Lord Ozunu tersebut, Raizo lalu memberontak dan menghilang. Kini ia pun tengah mempersiapkan rencana untuk balas dendam.
Di belahan bumi lainnya yakni di Berlin, seorang agen kepolisian Eropa untuk kasus kriminal (Europol), Mika Coretti (Naomie Harris), sedang menyelidiki kasus sumber dana politikus. Kasus tersebut ternyata berhubungan dengan beberapa kasus pembunuhan tokoh politik dan jaringan pembunuh rahasia dari Timur Jauh yang keberadaannya tak terlacak.
Untuk mengungkap kebenaran dibalik kasus tersebut, Mika menentang perintah atasannya Ryan Maslow (Ben Miles) dan mempelajari file-file rahasia kepolisian. Akibat penyelidikannya, ia pun menjadi sasaran Klan Ozunu. Namun, berkat pertolongan Raizo, Mika berhasil selamat dari serangan para pembunuh dari organisasi tersebut yang dipimpin oleh Takeshi (Rick Yune).
Raizo yang mengetahui jika organisasi tidak akan berhenti begitu saja hingga berhasil menghabisi nyawa mereka berdua, kini harus bekerja sama dengan Mika untuk menyelamatkan diri. Mereka lalu saling bahu membahu untuk menumpas Klan Ozunu.