"Rudy Habibie" merupakan prekuel dari kisah 'Habibie & Ainun'. Film ini mengisahkan sebelum Rudy di kenal sebagai teknokrat dan presiden Republik Indonesia Ke-3, B.J. Habibie. Rudy (Reza Rahadian) sangat ingin membuat pesawat untuk memenuhi pesan almarhum Papinya: 'Menjadi Mata Air', menjadi berguna untuk orang banyak. Tapi diatas hanya arus membuat keluarganya berkorban karena dia harus kuliah di RWTH Aachen, Jerman Barat. Di sana Rudy hidup dalam kondisi terbatas, rasa rindu rumah, dan belajar soal arti persahabatan, cinta, juga pengkhianatan bersama para mahasiswa Indonesia yang baru dikenalnya disana.