"The Villainess" mengisahkan wanita bernama Sook Hee (Kim Ok Vin) yang merupakan seorang pembunuh asal Tiongkok. Ia menyembunyikan identitasnya saat datang ke Korea untuk mendapat kehidupan baru. Sayangnya, impian Sook Hee akan terganjal dengan gangguan dari Joong Sang (Shin Ha Kyun), pria misterius yang melatih para pembunuh. Ia juga diganggu oleh seorang mata-mata tampan bernama Hyun Soo (Sung Joon).