Sebelum Charles Xavier (James McAvoy) dan Erik Lensherr (Michael Fassbender) berubah nama menjadi Profesor X dan Magneto, dua remaja ini menyadari untuk pertama kalinya bahwa mereka memiliki kekuatan super. Keduanya bekerjasama dengan mutan-mutan lain untuk menghentikan ancaman terbesar dunia yang belum pernah terjadi sebelumnya.
Namun dalam prosesnya, terjadi keretakan di antara mereka sehingga keduanya pun mendirikan kelompok masing-masing. Profesor X mendirikan X-Men, sementara Magneto membangun kelompok yang diberi nama Brotherhood of mutants.