Saudara
Liza Silvestre-Onding (kakak tiri perempuan), Domingo Silvestre (kakak tiri laki-laki), Isidra Pacquiao-Paglinawan (kakak perempuan), Alberto "Bobby" Pacquiao (atlet tinju, adik laki-laki), Rogelio Pacquiao (adik laki-laki)
Suami/Istri
Maria Geraldine "Jinkee" Jamora (wakil gubernur/politisi, sejak 10-Mei-00)
Anak-anak
Emmanuel Jr. (laki-laki), Michael Stephen (laki-laki), Mary Divine Grace (perempuan), Queen Elizabeth (perempuan), Israel (laki-laki)