WowKeren - Pada 1999, Lee Jung Jae didakwa mengemudi di bawah pengaruh alkohol (DUI) setelah menabrakkan BMW-nya ke mobil di jalur yang berdekatan. Bintang drama "Chief of Staff" itu ditemukan memiliki kadar alkohol dalam darah 0,222 persen. Ia juga didakwa dengan DUI pada tahun 2002.

Kemudian pada 2013, Lee Jung Jae terlibat dalam kontroversi karena pernyataannya memicu spekulasi bahwa mendiang direktur kreatif Woo Jong Wan adalah gay. Woo Jong wan ditemukan tewas dalam bunuh diri di rumahnya di Seoul pada 15 September 2012.

Orientasi seksual Woo jarang muncul ke permukaan sebelum kematiannya, meskipun ada desas-desus bahwa ia gay. Beberapa blogger mengkritik Lee Jung Jae karena mengabaikan teman yang sudah meninggal. Ia sendiri juga telah lama digosipkan gay, tapi dibantah.