"Hujan Bulan Juni" berdasarkan novel karya Sapardi Djoko Damono yang berjudul sama. Pingkan (Velove Vexia), dosen muda Sastra Jepang Universitas Indonesia mendapat kesempatan belajar ke Jepang selama 2 tahun. Sarwono (Adipati Dolken) nelangsa mendengar kabar ditinggal Pingkan, yang selama ini hampir tidak pernah lepas dari sampingnya. Sarwono ditugaskan Kaprodinya untuk presentasi kerjasama ke Universitas Sam Ratulangi Manado. Sarwono pun membawa Pingkan sebagai pemandunya selama di Manado. Pingkan bertemu keluarga besar almarhum ayahnya yang Manado. Ia mulai dipojokkan oleh pertanyaan tentang hubungannya dengan Sarwono. Apalagi kalau bukan masalah perbedaan yang di mata mereka sangat besar. Bukannya Pingkan dan Sarwono tidak menyadarinya. Mereka sudah terlanjur nyaman menetap bertahun-tahun di dalam ruangan kedap suara bernama kasih sayang. Apakah ini akan jadi perjalanan perpisahan mereka?